home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00027 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  53 lines
  1. *******************************
  2. * 'Homeobox' domain signature *
  3. *******************************
  4.  
  5. The 'homeobox' is a protein domain of 60 amino acids [1 to 5] first identified
  6. in a  number  of  Drosophila  homeotic and segmentation proteins. It has since
  7. been  found to  be  extremely well conserved in many  other animals, including
  8. vertebrates. This   domain  binds  DNA  through  a  helix-turn-helix  type  of
  9. structure.  Proteins which contain  a homeobox domain  are  likely  to play an
  10. important  role  in  development.  Most of  these  proteins  are  known  to be
  11. sequence specific DNA-binding transcription factors.  The  homeobox domain has
  12. also been found  to  be  very  similar  to  a  region of the yeast mating type
  13. proteins. These are sequence-specific DNA-binding proteins that act as  master
  14. switches in yeast differentiation  by  controlling  gene  expression in a cell
  15. type-specific fashion.
  16.  
  17. A  schematic  representation  of  the  homeobox domain  is  shown below.   The
  18. helix-turn-helix region is shown by the symbols  'H' (for helix), and 't' (for
  19. turn).
  20.  
  21.         xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxHHHHHHHHtttHHHHHHHHHxxxxxxxxxx
  22.         |        |         |         |         |         |         |
  23.         1       10        20        30        40        50        60
  24.  
  25. The pattern we developed to detect homeobox sequences  is 24 residues long and
  26. spans positions 34 to 57 of the homeobox domain.
  27.  
  28. -Consensus pattern: [LIVMFY]-x(5)-[LIVM]-x(4)-[IV]-[RKQTA]-x-W-x(8)-[RK]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  30.  for  Drosophila  om(1d),  maize knotted-1,  Xenopus goosecoid  and  for liver
  31.  specific transcription factor LF-B1 (HNF1-alpha and -beta)  which  has a very
  32.  atypical homeobox domain.
  33. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 23.
  34.  
  35. -Note: a majority  of  the proteins  which  contain  a  homeobox domain can be
  36.  classified, on the basis of their sequence characteristics, in 3 subfamilies:
  37.  antennapedia, engrailed and paired.  We have developed specific patterns that
  38.  characterize these  subfamilies.  We  also  have  a  specific pattern for the
  39.  homeobox proteins that contain a 'POU' domain.
  40.  
  41. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Gehring W.J.
  44.      Trends Biochem. Sci. 17:277-280(1992).
  45. [ 2] Gehring W.J.
  46.      Science 236:1245-1252(1987).
  47. [ 3] Scott M.P., Tamkun J.W., Hartzell G.W. III
  48.      Biochim. Biophys. Acta 989:25-48(1989).
  49. [ 4] Gehring W.J., Hiromi Y.
  50.      Annu. Rev. Genet. 20:147-173(1986).
  51. [ 5] Schofield P.N.
  52.      Trends Neurosci. 10:3-6(1987).
  53.